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学校前身是美英基督教教会于1906年共同创办的协和医学堂。1912年，改称协和医学校。1917年，成立北京协和医学院。1919年，改名北京协和医科乐虎唯一app官方下载。

1929年，更名私立北平协和医学院。1951年1月，学校由中央人民政府教育部和卫生部接管，且改名为中国协和医学院。历经传承与发展，学校先后更名为中国医科乐虎唯一app官方下载、中国首都医科乐虎唯一app官方下载和中国协和医科乐虎唯一app官方下载。2006年定名北京协和医学院。

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学校始建于1936年，原名国立药学专科学校（本科四年制），是中国第一所由国家创办的药学高等学府。1937年迁往汉口，1938年迁往重庆，1946年回迁南京。1950年更名为华东药学专科学校。

1952年，齐鲁乐虎唯一app官方下载药学系和东吴乐虎唯一app官方下载药学专修科并入学校，成立华东药学院。1953年，中南卫生专科学校药剂专修科并入学校。1956年更名为南京药学院。

1986年与筹建中的南京中药学院合并，成立中国药科乐虎唯一app官方下载。2000年，学校由国家药品监督管理局整体划转教育部管理。2001年，江苏省药科学校并入学校? 。

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